Κατά την επόμενη σύνοδο της Συνέλευσης, η οποία είχε προγραμματιστεί στις αρχές Αυγούστου στις Αρχάνες, οι οπαδοί του άμεσου συμβιβασμού επανέφεραν το ζήτημα υπό την καθοδήγηση των Μανούσου Κούνδουρο και Ιωσήφ Χατζηδάκη. Κύριο στόχο τους αποτέλεσε ο Ελευθέριος Βενιζέλος, ηγετικό μέλος της αντίπαλης παράταξης, εναντίον του οποίου ξεκίνησε μια συστηματική προσπάθεια δυσφήμισης. Ωστόσο, η πρακτική αυτή δεν κατάφερε να αποτρέψει την εκλογή του Βενιζέλου στη θέση του προέδρου της Συνέλευσης.

Υπό τη ιδιότητα αυτή και επικαλούμενος την απόφαση της Συνέλευσης των Αρμένων, ο Βενιζέλος επιχείρησε να εμποδίσει την υποβολή ψηφίσματος υπέρ της αποδοχής του νέου διοικητικού συστήματος, φτάνοντας ακόμα και να ζητήσει τη διάλυση της Συνέλευσης, γεγονός που προκάλεσε τη βίαιη αντίδραση των αποκαλούμενων Αυτονομιστών. Ο Βενιζέλος, μαζί με 14 πληρεξούσιους, αναγκάστηκαν να αναζητήσουν καταφύγιο σε κάποιο από τα σπίτια του χωριού, όπου όμως σύντομα βρέθηκαν υπό πολιορκία. Υπό τον φόβο μιας ευρύτερης σύγκρουσης, ο Βενιζέλος παρέδωσε την προεδρία στον Σάββα Σαββάκη. Στις 12 Αυγούστου, η Συνέλευση συνήλθε εκ νέου, καθαίρεσε τον Βενιζέλο και επικύρωσε το ψήφισμα αποδοχής των Ευρωπαϊκών, παρά την απουσία 98 από τους 138 πληρεξουσίους. Το όλο ζήτημα διευθετήθηκε οριστικά τον Σεπτέμβριο, κατά τη διεξαγωγή της τρίτης συνέλευσης στο Μελιδόνι Μυλοποτάμου, όπου η προοπτική της αυτονομίας έγινε δεκτή και από τις δύο παρατάξεις.