Το βακούφικο καθεστώς, που επιβλήθηκε στην περιοχή των Σφακίων κατά την κατάκτηση της Κρήτης απάλλασσε την περιοχή από το βάρος ορισμένων έκτακτων διοικητικών φόρων. Επί της ουσίας, όμως, ήδη από το 17ο αιώνα, τα Σφακιά κατέβαλλαν κανονικά τους γενικούς φόρους, όπως τη δεκάτη και τον κεφαλικό. Αντίστοιχα, η περιοχή εξακολουθούσε να αποτελεί μέρος της γενικής διοίκησης, που παρενέβαινε όποτε κρινόταν αναγκαίο, ενώ σε διάφορες περιόδους αναφέρεται η παρουσία αντιπροσώπων των οθωμανικών αρχών στην περιοχή.

Η ιδιαιτερότητα των Σφακίων αφορούσε κυρίως την απουσία μουσουλμανικού πληθυσμού, όπως και την εν μέρει αυτόνομη διαχείριση ορισμένων τοπικών ζητημάτων. Επιπλέον, χάρη στις μεγάλες δασικές εκτάσεις στις νοτιοδυτικές παρυφές των Λευκών Ορέων, η περιοχή αποτελούσε σημαντικό προμηθευτή ξυλείας για τα αστικά κέντρα. Για τον ίδιο λόγο, όπως και εξαιτίας των ελάχιστων καλλιεργούμενων εκτάσεων, οι Σφακιανοί ανέπτυξαν έναν αξιόλογο τοπικό στόλο. Ο προσανατολισμός τους προς τη θάλασσα, στοιχείο σπάνιο για τα δεδομένα της Κρήτης, τους επέτρεψε να επιδοθούν τόσο στο εμπόριο όσο και στην πειρατεία, αλλά και να έρθουν σε στενή επαφή με τα ευρύτερα εμπορικά δίκτυα της Μεσογείου.