Το φθινόπωρο του 1855, η διοίκηση της Κρήτης ανατέθηκε στον Βελή Πασά, γιο του Μουσταφά Πασά. Γεννημένος στην Κρήτη, ο Βελή Πασάς υπήρξε διοικητής του τμήματος των Χανίων, ενώ αργότερα ακολούθησε διπλωματική καριέρα, αναλαμβάνοντας σημαντικές θέσεις, όπως του διοικητή της επαρχίας Βοσνίας-Ερζεγοβίνης ή του πρεσβευτή της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας στο Παρίσι. Τόσο η μόρφωση όσο και η εμπειρία του από την Ευρώπη είχαν δημιουργήσει ιδιαίτερες προσδοκίες στον τοπικό πληθυσμό σε σχέση με την ομαλή και ειρηνική διαχείριση των τοπικών ζητημάτων.

Σύντομα, ωστόσο, αποδείχθηκε ότι οι σχεδιασμοί του, δεν μπορούσαν να γίνουν εύκολα αποδεκτοί. Αιτία αποτελούσε η επιβολή νέων φορολογικών και άλλων υποχρεώσεων, όπως και περιορισμών στην άσκηση ορισμένων εμπορικών δραστηριοτήτων. Ακόμα σημαντικότερο πρόβλημα αποτέλεσε η προσπάθεια εφαρμογής στην Κρήτη των όρων του Χάττι Χουμαγιούν. Η προοπτική της ελεύθερης πλέον μεταστροφής ορισμένων μουσουλμάνων στον χριστιανισμό, αλλά και της επιβολής φόρου εξαγοράς της στρατιωτικής θητείας στους χριστιανούς, σε συνδυασμό με άλλες νέες υποχρεώσεις, είχαν ως αποτέλεσμα το ξέσπασμα της εξέγερσης του 1858 και την εκδίωξη του Βελή Πασά από τη θέση του Γενικού Διοικητή.