Κατά τη σύσταση της Κρητικής Πολιτείας, ιδιαίτερη έμφαση δόθηκε στη δημιουργία της χωροφυλακής. Τα μέλη της προήλθαν και από τις δύο κοινότητες, ενώ τη γενική εκπαίδευση και εποπτεία θα αναλάμβαναν Ιταλοί αξιωματικοί του σώματος των καραμπινιέρων. Επρόκειτο για ένα σύνολο περίπου 1300 ανδρών, κατανεμημένων σε πέντε μικρότερα σώματα, ένα ανά νομό. Η αξιοπιστία της χωροφυλακής, δοκιμάστηκε το 1905 κατά τη διάρκεια του κινήματος του Θερίσου. Κατά το μεγαλύτερο μέρος τους, τα μέλη της παρέμειναν πιστά στον Πρίγκιπα Γεώργιο. Αρκετοί, όμως, ήταν και εκείνοι που προσχώρησαν στην αντίπαλη παράταξη,

Η προοπτική της αποχώρησης των ευρωπαϊκών δυνάμεων από την Κρήτη το 1909, επέβαλε τη δημιουργία ενός διευρυμένου και καλύτερα εξοπλισμένου σώματος, ικανού ν’ αναλάβει και την άμυνα του νησιού. Οι προσπάθειες για τη σύσταση της Κρητικής Πολιτοφυλακής, ξεκίνησαν την άνοιξη του 1907. Η δομή της περιελάβανε δύο τάγματα, από ένα σε Χανιά και Ηράκλειο, στελεχωμένα με Έλληνες βαθμοφόρους. Κατά την περίοδο των Βαλκανικών πολέμων, η Κρητική Πολιτοφυλακή αποτέλεσε τη βάση για τη δημιουργία του 1ου Ανεξάρτητου Συντάγματος Κρητών, το οποίο έλαβε μέρος σε μάχες στην περιοχή της Μακεδονίας, όπως και αργότερα, κατά τη σύγκρουση με την Βουλγαρία, στην περιοχή της Δυτικής Θράκης.