Οι νέες φορολογικές και άλλες υποχρεώσεις στο πλαίσιο εφαρμογής των όρων του Χάττι Χουμαγιούν στην Κρήτη, όπως και η προσπάθεια εφαρμογής από τον Γενικό Διοικητή Βελή Πασά ενός νέου διοικητικού πλαισίου, είχαν ως επακόλουθο την κινητοποίηση του χριστιανικού πληθυσμού την άνοιξη του 1858. Σταδιακά και μέχρι τον Μάιο, σχεδόν 6.000 ένοπλοι συγκεντρώθηκαν στην περιοχή της Μπουτσουναρίας, στο χωριό Περιβόλια, κοντά στην πόλη των Χανίων, χωρίς να προκαλέσουν εντάσεις. Αντίστοιχες κινητοποιήσεις υπήρξαν και στις ανατολικές περιοχές. Λόγω του κεντρικού ρόλου που είχε ο καταγόμενος από τους Λάκκους Κυδωνίας Εμμανουήλ Σταμ. Μαυρογένης, το γεγονός έμεινε γνωστό ως εξέγερση του Μαυρογένη.

Ακολούθησαν παρεμβάσεις μέσω των προξένων και διαπραγματεύσεις που οδήγησαν στην αποστολή στην Κρήτη στις αρχές Ιουνίου ειδικής αντιπροσωπίας με σκοπό την εξασφάλιση συμβιβαστικής λύσης. Το αποτέλεσμα ήταν η καθαίρεση του Βελή Πασά και η αντικατάστασή του από τον Αβδουρραχμάν Σαμή Πασά, όπως και η υπογραφή μιας ειδικής συμφωνίας που προέβλεπε την παραχώρηση αμνηστίας, προσέφερε μια σειρά από εγγυήσεις σε σχέση με διάφορα θρησκευτικά και φορολογικά ζητήματα, ενώ αποδεχόταν το δικαίωμα της οπλοκατοχής από μέρους των χριστιανών.