Ήδη από τα τέλη του 1840, ομάδες ενόπλων είχαν αποβιβαστεί σε διάφορα σημεία σε όλο το νησί. Ωστόσο οι μνήμες από την επανάσταση του 1821 και ο φόβος της αποτυχίας αποθάρρυναν τον τοπικό πληθυσμό. Με διαδοχικές συγκεντρώσεις, τον Απρίλιο του 1841, στο χωριό Βαφέ στην περιοχή του Αποκόρωνα, οι ομάδες που είχαν σχηματιστεί διακήρυξαν επίσημα το αίτημά τους για την ένταξη της Κρήτης στο ελληνικό κράτος, ενώ γενικός αρχηγός ορίστηκε ο Αριστείδης Χαιρέτης. Μετά από μια τελευταία προσπάθεια να κάμψει την εξέγερση μέσω της παραχώρησης αμνηστίας και έχοντας λάβει σημαντικές ενισχύσεις, ο διοικητής του νησιού, Μουσταφά Πασάς εισέβαλε στα μέσα Μαΐου στην περιοχή του Αποκόρωνα με πολυάριθμο στρατό, συνθλίβοντας τις δυνάμεις των εξεγερμένων.

Σημαντικές συγκρούσεις έγιναν και στην περιοχή της Πεδιάδας, στα χωριά Ξυδάς και Κασταμονίτσα, όπου επικράτησαν οι υπέρτερες μουσουλμανικές δυνάμεις. Οι διαδοχικές ήττες ενίσχυσαν ακόμα περισσότερο τη διστακτικότητα του χριστιανικού πληθυσμού. Χωρίς την αναγκαία υποστήριξη, τα διάφορα ένοπλα σώματα και οι αρχηγοί τους άρχισαν σταδιακά να εγκαταλείπουν το νησί, ανοίγοντας τον δρόμο για την οριστική κατάπνιξη της εξέγερσης.