Απομονωμένη στο ανατολικότερο άκρο του νησιού και κατοικημένη κυρίως από μουσουλμάνους, η Σητεία είχε μείνει σε μεγάλο βαθμό μακριά από τα επαναστατικά γεγονότα. Στα τέλη του 1828, παρά τις διαπραγματεύσεις ανάμεσα στις δύο πλευρές και τις αντιρρήσεις του αντιπροσώπου του Κυβερνήτη, Friedrich Edward Rheineck, μια ισχυρή δύναμη επαναστατών εισέβαλε στην περιοχή, καταφέρνοντας σε σύντομο χρόνο να καταλάβει όλα τα οχυρά σημεία. Σημαντικές μάχες δόθηκαν γύρω από τους οχυρούς πύργους που βρίσκονταν στις Λιθίνες και στην Ετία ή Ετιά, όπου είχαν κλειστεί ένοπλοι και άμαχοι μουσουλμάνοι. Αρκετοί μουσουλμάνοι που είχαν καταφύγει στη Μονή Τοπλού παραδόθηκαν χωρίς μάχη, με τη συμφωνία να μεταφερθούν με ασφάλεια στα παράλια, όπου πλοία από την Κάσο τους μετέφεραν στη Ρόδο, στη Χάλκη και στη Μικρά Ασία.

Παρά τη νίκη τους, οι περισσότεροι από τους επαναστάτες σύντομα εγκατέλειψαν τη Σητεία, γυρνώντας στις περιοχές τους. Μετά την αποχώρησή τους, μουσουλμάνοι που είχαν καταφύγει στην Ιεράπετρα και τη Σπιναλόγκα, μαζί με σημαντικές ενισχύσεις από τον Χάνδακα αντεπιτέθηκαν και ανακατέλαβαν όλη τη Σητεία, εκδιώκοντας όσες επαναστατικές δυνάμεις είχαν μείνει στη περιοχή.