Στην περίπτωση της Κρήτης, η πρώτη περίοδος εφαρμογής του συστήματος των Γενικών Διοικήσεων ξεκινάει με τον διορισμό του Στέφανου Δραγούμη τον Οκτώβριο του 1912. Το σχετικά σύντομο χρονικό διάστημα της παρουσίας του στο νησί, σε συνάρτηση με την άτυπη σύνδεσή του με το ελληνικό κράτος και τη συνέχιση των Βαλκανικών Πολέμων, μικρά μόνο περιθώρια άφηναν για την ανάληψη ιδιαίτερων πρωτοβουλιών. Στην προκήρυξη που δημοσίευσε λίγες μέρες μετά την άφιξή του, δήλωνε με σαφήνεια ότι είχε αναλάβει τη συγκεκριμένη θέση κατ’ εντολή του Βασιλιά, με αποκλειστικό σκοπό την προετοιμασία εκλογών και την τήρηση της έννομης τάξης.

Πράγματι, η πολιτική που εφαρμόστηκε το 1913 υπήρξε ιδιαίτερα συντηρητική και συγκρατημένη, με κύριο άξονα τη διατήρηση της τάξης και την εξασφάλιση της συνέχισης της λειτουργίας της δικαιοσύνης και του διοικητικού μηχανισμού. Παράλληλα όμως, έκαναν και την εμφάνισή τους νέοι εσωτερικοί ανταγωνισμοί. Ενδεικτική είναι η στάση των εφημερίδων του Ηρακλείου, που υποστήριζαν ότι ο Γενικός Διοικητής δρούσε υπό την επήρεια τοπικών συμφερόντων, με αποτέλεσμα την περιθωριοποίηση των Ανατολικών Επαρχιών. Παρά τα όποια προβλήματα, η ανακοίνωση της αποχώρησης του Δραγούμη στα μέσα Ιουνίου του 1913 προκειμένου να αναλάβει τη Γενική Διοίκηση Μακεδονίας, θεωρήθηκε ως ένα ιδιαίτερα ατυχές γεγονός.