Οι διαδικασίες αντικατάστασης του Στέφανου Δραγούμη είχαν ξεκινήσει ήδη πριν την αποχώρησή του τον Ιούνιο του 1913. Στη θέση του επρόκειτο να διοριστεί ένα μέλος της οικογένειας του Γεωργίου Κουντουριώτη, ο μέχρι τότε βουλευτής Πατρών Λουκάς Κανακάρης Ρούφος. Ο νέος διοικητής έφτασε στην Κρήτη στα τέλη Σεπτεμβρίου του 1913, έχοντας ήδη εξασφαλίσει τη γενική αποδοχή, μέσω της προβολής του από τον τοπικό Τύπο ως έναν νέο και προοδευτικό πολιτικό, αλλά και ως προσωπική επιλογή του Ελ. Βενιζέλου.

Ως πολιτικός καριέρας, ο Λ. Ρούφος προσπάθησε ν’ αναπτύξει μια ιδιαίτερα δραστήρια πολιτική. Σε προκήρυξη που εξέδωσε, δήλωνε με σαφήνεια ότι σκοπός του ήταν να επικεντρωθεί στη βελτίωση της δημόσιας διοίκησης και της ασφάλειας, αλλά και στην ανάπτυξη των πλουτοπαραγωγικών πόρων, προκειμένου η Κρήτη να ενταχθεί στο ελληνικό κράτος με όρους ισότιμους των άλλων περιοχών. Πράγματι, η πολιτική που ανέπτυξε το επόμενο διάστημα χαρακτηρίζεται από την προσπάθεια προώθησης ριζικών μεταβολών στη διοίκηση και την οικονομία. Ωστόσο, την άνοιξη του 1915, αποφάσισε να παραιτηθεί από τη θέση του Γενικού Διοικητή, προκειμένου να συμμετάσχει στις επερχόμενες εκλογές ως υποψήφιος βουλευτής Αχαΐας.