Η Διεθνής Εξεταστική Επιτροπή που είχε οριστεί στο πλαίσιο των διαπραγματεύσεων ανάμεσα στον Ελ. Βενιζέλο και τις ευρωπαϊκές δυνάμεις, έφτασε στην Κρήτη στα τέλη Ιανουαρίου 1906. Oι εργασίες της ολοκληρώθηκαν τους επόμενους μήνες οδηγώντας στη δημοσίευση μιας αναλυτικής έκθεσης στα τέλη Μαρτίου. Το συμπέρασμά της ήταν ότι η κατάσταση στην Κρήτη μπορούσε ν’ αντιμετωπιστεί μόνο μέσω της Ένωσης.

Ωστόσο, εφόσον η λύση αυτή δεν μπορούσε να γίνει άμεσα αποδεκτή, επελέγη η προώθηση ορισμένων μεταρρυθμίσεων που θεωρήθηκε ότι θα εξασφάλιζαν την αποκατάσταση της τάξης στο νησί. Σε αυτές περιλαμβάνονταν μέτρα οικονομικού ελέγχου και ενίσχυσης, η ρύθμιση των ζητημάτων που εκκρεμούσαν με την Οθωμανική Αυτοκρατορία και η προοπτική της αποχώρησης των ευρωπαϊκών στρατευμάτων μετά από τη δημιουργία αξιόπιστων σωμάτων χωροφυλακής και πολιτοφυλακής. Οι παραπάνω αποφάσεις, συμπληρώθηκαν λίγους μήνες αργότερα, με την παραχώρηση στον Γεώργιο Α’, Βασιλέα της Ελλάδος, του δικαιώματος να διορίζει τον Ύπατο Αρμοστή. Εφαρμόζοντας την παραπάνω απόφαση, ο Γεώργιος Α’ προχώρησε στην απομάκρυνση του πολιτικά αποδυναμωμένου πλέον Πρίγκιπα Γεωργίου και την αντικατάστασή του από τον παλαίμαχο πολιτικό Αλέξανδρο Ζαΐμη.