Στις αρχές του 1889, η αντιπαράθεση ανάμεσα στις τοπικές παρατάξεις εντός της Γενικής Συνέλευσης είχε κορυφωθεί. Υπό την απειλή να χάσουν τον έλεγχο, οι Συντηρητικοί χριστιανοί (Καραβανάδες), σχεδίαζαν να συνεργαστούν με την αντίστοιχη μουσουλμανική παράταξη (κόμμα των μπέηδων). Ωστόσο, στις εκλογές του Μαρτίου του 1889 υπέστησαν συντριπτική ήττα, εκλέγοντας μόλις 24 πληρεξούσιους στο σύνολο των 80.

Αντιδρώντας στην απώλεια της εξουσίας, ορισμένα μέλη των Συντηρητικών δημοσιοποίησαν τον Μάιο ψήφισμα όπου δήλωναν την άρνησή τους να συμμετάσχουν στη νέα Συνέλευση, ενώ σε δεύτερο χρόνο διακήρυξαν την ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα. Η κατάσταση επιδεινώθηκε ακόμα περισσότερο τον επόμενο μήνα, λόγω της άρνησης του Σουλτάνου να ικανοποιήσει τα οικονομικά και φορολογικά αιτήματα της Γενικής Συνέλευσης. Καθώς οι βιαιοπραγίες ανάμεσα στις δύο κοινότητες εντείνονταν, η οθωμανική κυβέρνηση προχώρησε στην επιβολή στρατιωτικού νόμου για πρώτη φορά από το 1868, την αποστολή πρόσθετων στρατευμάτων στο νησί, όπως και τον διορισμό του Σακίρ Πασά ως έκτακτου γενικού στρατιωτικού διοικητή, καταλήγοντας στην αναστολή της εφαρμογής των όρων της Σύμβασης της Χαλέπας. Μέχρι το φθινόπωρο, η κατάσταση στις πόλεις είχε τεθεί υπό έλεγχο, όχι όμως και στην ύπαιθρο, όπου οι συγκρούσεις συνεχίστηκαν για αρκετό καιρό.