Έχοντας αποδεχθεί την προοπτική της Ένωσης ως τη μόνη ουσιαστική λύση για το Κρητικό Ζήτημα, ο Βενιζέλος τήρησε επικριτική στάση απέναντι σε όσους υποστήριξαν την προοπτική της αυτονομίας μετά την ήττα της Ελλάδας στον πόλεμο του 1897. Τη θέση του αυτή, υπερασπίστηκε τόσο κατά τη συνέλευση των Αρμένων τον Ιούνιο του 1897, όσο και στη συνέλευση των Αρχανών τον Αύγουστο του ίδιου έτους, όπου δέχθηκε την σφοδρή επίθεση της αντίπαλης παράταξης. Ωστόσο, υπό την πίεση επιμέρους ομάδων και κατανοώντας τη συγκυρία, σύντομα αναγκάστηκε να συναινέσει στην καθιέρωση της αυτονομίας, δηλώνοντας την πρόθεσή του να συνεργαστεί πολιτικά με τους μέχρι πρότινος αντιπάλους του.

Αντίστοιχη ήταν η στάση του και κατά τη παρουσίαση, τον Ιούνιο του 1898, του Προσωρινού Πολιτεύματος. Παρά τις ενστάσεις του, η εισήγησή του προς τη Συνέλευση ήταν θετική, υπό την προϋπόθεση της αποχώρησης του οθωμανικού στρατού από την Κρήτη. Κατά τη σύσταση της Κρητικής Πολιτείας, ο Βενιζέλος συμμετείχε στη Συντακτική Συνέλευση στις αρχές του 1899, ενώ διορίστηκε μέλος της επιτροπής σύνταξης του συντάγματος. Θεωρώντας ότι επρόκειτο για ένα προσωρινό, μεταβατικό καθεστώς, υποστήριξε τη θέσπιση ενός συντηρητικού συνταγματικού πλαισίου, που παραχωρούσε σημαντικές εξουσίες στον Ηγεμόνα εις βάρος της Βουλής.