Με την ολοκλήρωση των διαδικασιών οργάνωσης του νέου πολιτεύματος, τον Απρίλιο του 1899, ο Ελ. Βενιζέλος διορίστηκε Σύμβουλος της Δικαιοσύνης. Πέρα από το νομοθετικό και πολιτικό του έργο κατά την περίοδο αυτή, εξακολουθούσε ν’ ασχολείται με το ζήτημα της Ένωσης. Τόσο ο ίδιος όσο και ο Πρίγκιπας Γεώργιος είχαν τον ίδιο σκοπό, ωστόσο οι απόψεις τους σε σχέση με τη διαδρομή που έπρεπε ν’ ακολουθήσουν, διέφεραν ριζικά. Αφορμή για την εκδήλωση της διαφωνίας τους, αποτέλεσε η απόφαση του Πρίγκιπα στα τέλη του 1900, να περιοδεύσει στα ευρωπαϊκά κράτη με σκοπό την εξασφάλιση της συναίνεσης των ηγετών τους, για μια ενδιάμεση λύση που θεωρούσε ότι μακροπρόθεσμα θα οδηγούσε στην Ένωση.

Το σχέδιο του προέβλεπε την καθιέρωση στην Κρήτη ενός καθεστώτος προτεκτοράτου στα πρότυπα της Βοσνίας-Ερζεγοβίνης, υπό την απόλυτη ηγεμονία ενός από τους πρίγκιπες της ελληνικής βασιλικής οικογένειας. Ο Βενιζέλος διαφώνησε, ενώ δεν δίστασε να θέσει το ζήτημα στη Βουλή, ερχόμενος ακόμα και σε ρήξη με τον παλαιό του σύμμαχο Κωνσταντίνο Φούμη. Η στάση του παρουσιάστηκε ως προδοσία απέναντι στην Ένωση. Σταδιακά και μέσα από δαιδαλώδεις διαδικασίες, τον Μάρτιο του 1901 εξωθήθηκε σε παραίτηση από τη θέση του Συμβούλου.