Το νέο διοικητικό σύστημα του Οργανικού Νόμου, προέβλεπε την άσκηση της εξουσίας στην Κρήτη από τον Γενικό Διοικητή (Βαλή), σε συνεργασία με έναν χριστιανό και ένα μουσουλμάνο σύμβουλο. Ένας δεύτερος διοικητής θ’ αναλάμβανε την αρχηγία του στρατού. Τα δύο αυτά πρόσωπα θα διορίζονταν απευθείας από τον Σουλτάνο, όπως αντίστοιχα και οι διοικητές των πέντε τοπικών διοικήσεων (λιβάδες). Οι διοικήσεις θα χωρίζονταν σε είκοσι επαρχίες, υπό επάρχους που επίσης θα διορίζονταν από την Πύλη.

Σε όλα τα επίπεδα της διοίκησης, οι αξιωματούχοι θα πλαισιώνονταν από τοπικά συμβούλια, με τη συμμετοχή ισότιμου αριθμού χριστιανών και μουσουλμάνων, ενώ οι περιοχές στις οποίες επικρατούσε το χριστιανικό στοιχείο θ’ απαρτίζονταν μόνο από χριστιανούς. Κεντρικό ρόλο στην άσκηση της διοίκησης είχε η Γενική Συνέλευση, ένα είδος τοπικής βουλής όπου κάθε επαρχία θα αντιπροσωπευόταν από δύο εκλεγμένα μέλη ανάλογα με τη θρησκευτική σύνθεση του πληθυσμού της. Το συγκεκριμένο όργανο θα συνεδρίαζε μία φορά κάθε χρόνο, ενώ η δικαιοδοσία του αφορούσε το πεδίο των δημοσίων έργων, ζητήματα οικονομίας, εμπορίου, αγροτικής παραγωγής και εκπαίδευσης.