Πέρα από τις παρεμβάσεις στην οικονομία, η αιγυπτιακή διοίκηση προχώρησε σε μεταβολές και σε θεσμικό επίπεδο, καθιερώνοντας στην Κρήτη τη λειτουργία αντιπροσωπευτικών σωμάτων χριστιανών και μουσουλμάνων, προχωρώντας στην αναδιάταξη του δικαστικού συστήματος, στην έκδοση δίγλωσσης εφημερίδας κ.ά. Ανάμεσα στις σημαντικότερες παρεμβάσεις της, υπήρξε η αποτροπή της επαναφοράς στην Κρήτη του συστήματος των Αγάδων.

Χωρίς την υποστήριξη των προγενέστερων δικτύων και ομάδων, οι Αγάδες, δεν ήταν πλέον σε θέση να ανακτήσουν τα παλιά τους προνόμια. Κατεστραμμένοι οικονομικά οι περισσότεροι, αναγκάστηκαν να αποχωρήσουν οριστικά και να εγκατασταθούν σε άλλες περιοχές της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Η πώληση των μεγάλων περιουσιών τους, όπως και ευρύτερα των περιουσιών όλων των μουσουλμάνων που εγκατέλειψαν το νησί, συνέβαλε στη διαρκή επέκταση της γαιοκτησίας κατά τις επόμενες δεκαετίες από μέρους των χριστιανών. Παράλληλα, το μεγαλύτερο μέρος των μουσουλμάνων εκτοπίστηκε σταδιακά από την ύπαιθρο, εγκατέλειψε το νησί ή συγκεντρώθηκε στα μεγάλα αστικά κέντρα, διαμορφώνοντας σε σημαντικό βαθμό τις συνθήκες για τις μεταβολές που επρόκειτο να ακολουθήσουν κατά τη διάρκεια του 19ου αιώνα.