Οι πρώτες επιχειρήσεις με σκοπό την ανάπτυξη ενός δικτύου ελέγχου της ενδοχώρας ξεκίνησαν στα μέσα Νοεμβρίου 1867 και αφορούσαν την περιοχή βόρεια των Λευκών Ορέων. Οι Λάκκοι κατελήφθησαν άμεσα, για να ακολουθήσουν το Θέρισο λίγους μήνες αργότερα και ο Ομαλός το καλοκαίρι το 1868. Το επόμενο διάστημα και μέχρι το τέλος του δεύτερου έτους, οι μάχες στην ευρύτερη περιοχή της δυτικής Κρήτης αφορούσαν την προσπάθεια των Οθωμανών να ελέγξουν τον Αποκόρωνα και τις διαδρομές προς το Σέλινο και την Κίσσαμο, όπου ήδη είχε αρχίσει να αναπτύσσεται ένα εκτενές δίκτυο φυλακίων. Αντίστροφα, η δραστηριότητα των επαναστατών επικεντρώθηκε στην εκδίωξη του στρατού από τις σταθερές του θέσεις, χτυπώντας τα φυλάκια αλλά και τα στρατόπεδα στα μετόπισθεν.
Στα ανατολικά, οι συνεχείς επιθέσεις σε διάφορες περιοχές, οι επιδρομές και οι αντεκδικήσεις γύρω από την πόλη του Ρεθύμνου και του Ηρακλείου, υποδεικνύουν τη δυσκολία ελέγχου της ενδοχώρας από τους Οθωμανούς, καθώς στις συγκεκριμένες επαρχίες, το μεγαλύτερο βάρος δόθηκε στην οικοδόμηση φυλακίων κατά μήκος των βορείων παραλίων. Εξίσου πετυχημένη υπήρξε η δράση των επαναστατών στο νότιο Ρέθυμνο, όπου κατάφεραν επανειλημμένως να εμποδίσουν την κίνηση στρατευμάτων από το στρατόπεδο του Φραγκοκάστελλου προς την περιοχή του Αγίου Βασιλείου.
Το 1868, στην περιοχή του Ηρακλείου, οι περισσότερες συγκρούσεις εντοπίζονται στην ευρύτερη περιοχή γύρω από την πόλη, όπως και νοτιότερα, στη ζώνη που σχημάτιζαν τα χωριά Άγιος Μύρωνας, Αγία Βαρβάρα, Τυμπάκι, τα οποία παρέμεναν υπό τον έλεγχο του οθωμανικού στρατού. Αντίστροφα, οι επαναστάτες έλεγχαν τις γύρω περιοχές, τον Κρουσώνα, τις Ασίτες, τις Κορφές και τη Μονή Ιερουσαλήμ. Αξιόλογες επιθέσεις καταγράφονται και στην Πεδιάδα, κυρίως ενάντια στο στρατόπεδο του Καστελίου και τα προωθημένα σώματα σε Αβδού, Κασταμονίτσα, μέχρι και την παραλιακή περιοχή των Γουβών, ενώ οι Οθωμανοί απέτυχαν να καταλάβουν την περιοχή δυτικά του Οροπεδίου, ανάμεσα σε Μοχό και Κράσι.
Στις αρχές του 1868, οι επαναστάτες της ανατολικής Κρήτης, κατάφεραν να εξαναγκάσουν τον οθωμανικό στρατό σε υποχώρηση από την περιοχή της Φουρνής, προς τα Μάλια και από εκεί στο Ηράκλειο, συγκρατώντας παράλληλα τις διάφορες ομάδες μουσουλμάνων που επιχειρούσαν εξόδους από τα φρούρια της Ιεράπετρας και της Σπιναλόγκας. Ωστόσο, τον Ιούλιο του ίδιου έτους, μια ισχυρή δύναμη Οθωμανών εγκαταστάθηκε στα Μάλια, καταλαμβάνοντας και κατασκευάζοντας πύργο στη θέση Κουντουρού, με επακόλουθο τον σημαντικό περιορισμό της επαναστατικής δραστηριότητας.
