Τον Φλεβάρη του 1867, σχηματίζεται στην Αγία Ρουμέλη η τετραμελής Προσωρινή Επαναστατική Κυβέρνηση Κρήτης. Παράλληλα, η αρχηγία των Χανίων ανατέθηκε στον Ιωάννη Ζυμβρακάκη, του Ρεθύμνου στον Πάνο Κορωναίο και της ανατολικής Κρήτης στον παλαίμαχο Μιχαήλ Κόρακα. Ένα μήνα νωρίτερα, ο Μουσταφά Πασάς επιχείρησε να καταδιώξει όσους επαναστάτες παρέμεναν σε διάφορα φυσικά καταφύγια στην ευρύτερη περιοχή των Σφακίων. Το αποτέλεσμα ήταν η εκ νέου κινητοποίηση των Σφακιανών, που επιτέθηκαν στον οθωμανικό στρατό κατά την αποχώρησή του από το οροπέδιο του Ασκύφου, μέσα από το φαράγγι της Κράπης, προκαλώντας του σημαντικές απώλειες.
Το γεγονός αυτό διέψευσε την πεποίθηση του Μουσταφά ότι η επανάσταση είχε τερματιστεί, αναγκάζοντάς τον να επιτεθεί εκ νέου στον Αποκόρωνα και την Κυδωνία. Οι αποτυχίες που ακολούθησαν οδήγησαν στην αντικατάστασή του από τον Ομέρ Πασά. Ο νέος διοικητής επιχείρησε αρχικά να ελέγξει τις βόρειες παρυφές των Λευκών Ορέων, χωρίς να το καταφέρει, οπότε και κινήθηκε ανατολικά. Προσπάθειες να ανακοπεί η προέλαση του οθωμανικού στρατού έγιναν στις Μαργαρίτες και το Μελιδόνι, ωστόσο ο Ομέρ προχώρησε στο Γαράζο, τα Ανώγεια και το Μαλεβίζι, φτάνοντας στο Καστέλι Πεδιάδος στα μέσα Μαΐου. Λίγες μέρες αργότερα, μέσα από διάφορα περάσματα, κατάφερε να εισβάλει στο Οροπέδιο, αναγκάζοντας τους επαναστάτες να υποχωρήσουν.
Μετά την κατάληψη του Οροπεδίου Λασιθίου, επόμενος στόχος υπήρξε για άλλη μια φορά η περιοχή των Σφακίων. Αφού συγκεντρώθηκε στο Τυμπάκι, ο οθωμανικός στρατός πέρασε με πλοία στο Φραγκοκάστελλο, ενώ άλλες δυνάμεις κινήθηκαν προς την ίδια κατεύθυνση μέσω Καλλικράτη και Ασκύφου. Οι συγκρούσεις διήρκησαν μέχρι τις αρχές Αυγούστου. Έχοντας τον έλεγχο των παραλιακών περιοχών και του Εμπρόσνερου, ο Ομέρ Πασάς επέστρεψε στα Χανιά, απ’ όπου κάλεσε τους χριστιανούς να πάψουν τις εχθροπραξίες.
Οι διαδοχικές επιχειρήσεις επί σχεδόν δύο χρόνια για την κατάληψη των ίδιων περιοχών, κατέστησαν σαφές ότι παραδοσιακές τακτικές δεν μπορούσαν να οδηγήσουν σε ένα οριστικό αποτέλεσμα. Στο πλαίσιο αυτό, η οθωμανική κυβέρνηση επέλεξε να υιοθετήσει μια νέα, διττή πολιτική. Σε πρώτο επίπεδο, επιδιώχθηκε η εδραίωση του ελέγχου της ενδοχώρας, μέσω της κατασκευής οχυρών φυλακίων (κουλέδων) και ενός εκτεταμένου στρατιωτικού οδικού δικτύου. Παράλληλα, η διοίκηση της Κρήτης ανατέθηκε στον Μεχμέτ Εμίν Αλή Πασά, με σκοπό την εγκαθίδρυση ενός συστήματος αυτοδιοίκησης που θα ικανοποιούσε τους χριστιανούς. Ωστόσο οι συγκεκριμένοι σχεδιασμοί απαιτούσαν χρόνο για να υλοποιηθούν και να αποδώσουν. Στο ενδιάμεσο, οι συγκρούσεις συνεχίστηκαν σε όλο το νησί, από την ανατολική μέχρι τη δυτική Κρήτη και ειδικά στην περιοχή του Αποκόρωνα.
