Η οργάνωση της επαναστατικής κινητοποίησης το φθινόπωρο του 1895 από τον Μανούσο Κούνδουρο, βασίστηκε σε δομές που είχαν αναπτυχθεί ήδη κατά τα προηγούμενα χρόνια. Κομβικό ρόλο είχε η μυστική αδελφότητα που είχε ιδρυθεί στην Κρήτη το 1892 και της οποίας μέλος ήταν και ο ίδιος. Γύρω από τον πυρήνα αυτό, συντάχθηκαν διάφορα άλλα, αξιόλογα πρόσωπα, όπως ο Σέργιος Καλλιγιαννάκης, οπλαρχηγοί, κληρικοί, δημόσιοι υπάλληλοι, αξιωματούχοι κ.ά.

Αγνοώντας τις ενστάσεις όσων θεωρούσαν ακατάλληλη τη συγκεκριμένη συγκυρία, ο Μ. Κούνδουρος προχώρησε στην προετοιμασία μιας μεγάλης συγκέντρωσης στα μέσα Σεπτεμβρίου στη θέση Κλήμα, ανάμεσα στη περιοχή των Σφακίων και του Αποκόρωνα. Ως αιτία επικαλέστηκε τις εντάσεις ανάμεσα στις δύο θρησκευτικές κοινότητες και τη γενικότερη διεθνή συγκυρία, που ευνοούσε τη διεκδίκηση της υποστήριξης των Μεγάλων Δυνάμεων. Φρόντισε, ωστόσο, να τονίσει ότι η όλη προσπάθεια έπρεπε να έχει ειρηνικό χαρακτήρα. Παρά το γεγονός αυτό, τόσο ο νέος Γενικός Διοικητής Αλέξανδρος Καραθεοδωρής όσο και ορισμένοι από τους Προξένους, προσπάθησαν να εμποδίσουν την κινητοποίηση θεωρώντας ότι η επικείμενη εφαρμογή ορισμένων ευνοϊκών μέτρων για τη χριστιανική κοινότητα θα μπορούσε να οδηγήσει στην εξομάλυνση της κατάστασης.