Τον Σεπτέμβριο του 1822, οι αιγυπτιακές δυνάμεις επιχείρησαν να εισβάλουν στο οροπέδιο του Λασιθίου, αντιμετώπισαν όμως σημαντική αντίσταση στα χωριά της Πεδιάδας, οπότε και στράφηκαν στην περιοχή της Βιάννου. Ακολούθησε μια μεγάλη ήττα των επαναστατών στην Κριτσά, που οδήγησε στη λεηλασία του Μεραμβέλλου και του ίδιου του οροπεδίου του Λασιθίου. Στα δυτικά, οι επαναστάτες εισέβαλαν για άλλη μια φορά στην Κίσσαμο, καταφέρνοντας τον Μάιο του 1823 να καταλάβουν το Καστέλι Κισσάμου. Ακολούθησε η επίθεση στο Σέλινο και η πτώση της Κανδάνου.

Παρά την άφιξη στην Κρήτη ενός νέου Γενικού Αρχηγού, του Εμμανουήλ Τομπάζη, οι εσωτερικές έριδες δεν επέτρεψαν την αποτελεσματική αντιμετώπιση των νέων μουσουλμανικών δυνάμεων που έφτασαν τον Ιούνιο. Την ήττα στη μάχη της Αγίας Βαρβάρας τον Αύγουστο του 1823 ακολούθησε η γενική διάλυση, επιτρέποντας στους μουσουλμάνους να προχωρήσουν, φτάνοντας τον Απρίλιο στα Σφακιά. Χάνοντας για δεύτερη φορά το σημαντικότερο κέντρο της, η επανάσταση προοδευτικά έσβησε. Μια τελευταία απόπειρα, τον Δεκέμβριο του 1823, για την κατάληψη του φρουρίου της Γραμβούσας, απέτυχε, επισφραγίζοντας το οριστικό τέλος της πρώτης επαναστατικής περιόδου στην Κρήτη.