Η αγριότητα των γεγονότων αλλά και η δολοφονία, όπως και ο τραυματισμός ενός σημαντικού αριθμού Βρετανών στρατιωτών κατά τα γεγονότα της 25ης Αυγούστου στο Ηράκλειο, είχε ως επακόλουθο την άμεση κινητοποίηση των ευρωπαϊκών δυνάμεων. Το επόμενο διάστημα, προχώρησαν στη σύλληψη 42 προσώπων τα οποία θεωρήθηκαν ως πρωταίτιοι, ορισμένα από τα οποία καταδικάστηκαν και εκτελέστηκαν με ατιμωτικό τρόπο. Παράλληλα, θεωρώντας ότι ο οθωμανικός στρατός και οι αρχές όχι μόνο δεν εμπόδισαν, αλλά αντίθετα υποδαύλισαν τα γεγονότα της 25ης Αυγούστου και άρα αποτελούσαν διαρκή παράγοντα αστάθειας, αποφασίστηκε η οριστική απομάκρυνσή τους από την Κρήτη.

Ακολούθησαν έντονες διαπραγματεύσεις, στο πλαίσιο των οποίων η Πύλη προσπάθησε να εξασφαλίσει την παραμονή ενός μικρού έστω μέρους των στρατευμάτων της στο νησί. Ωστόσο, η έντονη αντίδραση από μέρους των χριστιανών δεν άφηνε ουσιαστικά περιθώρια για παραχωρήσεις, ενώ οι ενστάσεις σε σχέση με την προστασία του μουσουλμανικού πληθυσμού κάμφθηκαν μέσω της ανάληψης του σχετικού καθήκοντος από τις ευρωπαϊκές δυνάμεις. Η αποχώρηση του οθωμανικού στρατού και η παράδοση των δημόσιων υπηρεσιών ξεκίνησε το φθινόπωρο και ολοκληρώθηκε στις αρχές Νοεμβρίου, σηματοδοτώντας την οριστική απομάκρυνση της Κρήτης από το οθωμανική πλαίσιο.