Παρά τη νίκη τους, οι μουσουλμάνοι αδυνατούσαν να ελέγξουν αποτελεσματικά την ύπαιθρο, λόγω της απουσίας πειθαρχημένου και έμπειρου στρατού. Εκμεταλλευόμενες την απουσία ουσιαστικής επιτήρησης, οι διάφορες ομάδες των επαναστατών άρχισαν σταδιακά να ανασυγκροτούνται. Η νέα επαναστατική περίοδος που ξεκινάει το φθινόπωρο του 1821 διαφοροποιείται σημαντικά σε σχέση με τους πρώτους μήνες του αγώνα. Η παρουσία του Μιχαήλ Κομνηνού Αφεντούλη ως απεσταλμένου της Φιλικής Εταιρίας και μεγάλου αριθμού ενόπλων από περιοχές εκτός Κρήτης, επισφράγισε την ένταξή του νησιού στο πλαίσιο της ευρύτερης επανάστασης, ενώ η δράση των επαναστατών βασίστηκε πλέον σε μια πολύ πιο οργανωμένη πολιτική και στρατιωτική δομή και επεκτάθηκε και σε άλλες περιοχές του νησιού.

Σύντομα στα Χανιά και στο Ρέθυμνο σχηματίστηκαν τα παλαιότερα μέτωπα. Το Δεκέμβριο του 1821 επιχειρείται η μετάδοση της επανάστασης στο Σέλινο. Παρά τα θετικά προμηνύματα, τόσο η διστακτικότητα μέρους του χριστιανικού πληθυσμού της περιοχής όσο και ο θάνατος του αρχηγού της επιχείρησης, Γεώργιου Δασκαλάκη (Τσελεπή), κατά την πολιορκία του Σταυρού, οδήγησαν την όλη προσπάθεια σε αποτυχία.