Μαθαίνοντας για την εξέγερση των Σφακιανών, οι οθωμανικές αρχές κινητοποίησαν ένα σημαντικό μέρος των στρατιωτικών δυνάμεων του νησιού, ενώ σύντομα στάλθηκαν και ενισχύσεις από την Κωνσταντινούπολη. Χωρίς τη βοήθεια του ρωσικού στρατού και κυρίως τον αποκλεισμό του νησιού από τον ρωσικό στόλο, οι Σφακιανοί δεν ήταν σε θέση να προβάλλουν αποτελεσματική αντίσταση. Ωστόσο, και οι οθωμανικές δυνάμεις αποδείχθηκαν κατώτερες των περιστάσεων. Η πρόοδος των επιχειρήσεων υπήρξε ιδιαίτερα αργή, προκαλώντας την αντίδραση του μουσουλμανικού πληθυσμού αλλά και του στρατού ενάντια στους τοπικούς διοικητές.

Παρά τα προβλήματα, οι Οθωμανοί λίγους μήνες μετά την έναρξη της εξέγερσης κατάφεραν να καταστρέψουν τα σημαντικότερα χωριά της περιοχής. Οι συγκρούσεις συνεχίστηκαν για αρκετούς μήνες, μέχρι την οριστική παράδοση του Δασκαλογιάννη το φθινόπωρο του 1771. Ακολούθησε η σύναψη μιας ειδικής συμφωνίας, που όριζε το νέο πλαίσιο διοίκησης της επαρχίας, στερώντας από τους Σφακιανούς πολλά από τα μέχρι τότε προνόμιά τους. Στην πράξη, ωστόσο, αυτή η συμφωνία μόνο εν μέρει εφαρμόστηκε, ενώ κατά παράβασή της, ο Δασκαλογιάννης, που είχε συλληφθεί και κρατηθεί ως όμηρος, εκτελέστηκε τον Ιούνιο του 1771.