Κατά τον 19ο αιώνα, η οχυρωμένη νησίδα της Σπιναλόγκας κατοικούνταν αποκλειστικά από μουσουλμάνους. Για τον λόγο αυτό, αποτελούσε ένα ασφαλές καταφύγιο για τους μουσουλμάνους του Μεραμβέλλου και της Σητείας, κατά τη διάρκεια των επαναστατικών γεγονότων και των εξεγέρσεων. Έναν χρόνο περίπου μετά την έναρξη της επανάστασης του 1821, κατά την επέκτασή της προς τις ανατολικές επαρχίες, αποφασίστηκε ο αποκλεισμός του νησιού από τη μεριά της ξηράς, προκειμένου να αποτραπούν τυχόν επιδρομές των μουσουλμάνων. Το 1827 προτάθηκε η οργάνωση επιχείρησης για την κατάληψη του νησιού, στα πρότυπα εκείνης που είχε οδηγήσει στην πτώση της Γραμβούσας το 1825, χωρίς, ωστόσο, να πραγματοποιηθεί ποτέ. Κατά την επανάσταση του 1866, το νησί υπήρξε και πάλι καταφύγιο για τους μουσουλμάνους, ενώ διάφορες μάχες διεξήχθησαν στη γύρω περιοχή. Το 1904 το νησί εκκενώθηκε και μετετράπηκε σε λεπροκομείο.
