Ο κόλπος της Σούδας αποτελεί ακόμα και σήμερα το μεγαλύτερο και ασφαλέστερο φυσικό λιμάνι του νησιού. Στο πλαίσιο αυτό, ο ρόλος του υπήρξε κομβικός για τη διεξαγωγή του εμπορίου, ενώ κατά τη διάρκεια των επαναστάσεων αποτέλεσε την κύρια πύλη για την άφιξη οθωμανικών και άλλων στρατιωτικών δυνάμεων και εφοδίων. Το 1872, ο Γενικός Διοικητής Ρεούφ Πασάς προχώρησε στην κατασκευή του οικισμού Αζιζιέ, όπου μεταφέρθηκαν οι μουσουλμάνοι που κατοικούσαν στο νησάκι της Σούδας, όπως και στην επισκευή και επέκταση του ναυστάθμου κατά την περίοδο 1874-1875. Στον χώρο αυτό υπήρχαν ναυπηγεία, αποθήκες, όπως και εργαστήρια επισκευών και κατασκευής πυρομαχικών του οθωμανικού ναυτικού. Η Σούδα αποτέλεσε τη βάση του στόλου και μέρος του στρατού των ευρωπαϊκών δυνάμεων κατά την περίοδο 1896-1909. Στη νησίδα Σούδα, στην είσοδο του κόλπου, παρέμενε συμβολικά υψωμένη η σημαία της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας μέχρι την 1η Φεβρουαρίου 1913, οπότε και αντικαταστάθηκε από την ελληνική.
