Κατά τον 19ο αιώνα, η Νεάπολη αναφέρεται στις πηγές ως Καινούριο Χωριό. Σύμφωνα με τον Κριτοβουλίδη, στο πλαίσιο της προσπάθειας για την επανέναρξη της επανάστασης στην Κρήτη τον Σεπτέμβριο του 1827 και μετά την αποβίβαση των επαναστατών, οι μουσουλμάνοι που είχαν μείνει στο Μεραμβέλλο κατέφυγαν εκεί. Από αυτούς, περίπου 295 οχυρώθηκαν στο σπίτι του αρχηγού τους Μασλούμη Καρακάση, όπου πολιορκήθηκαν. Μετά την εξολόθρευση από τους επαναστάτες των δυνάμεων που στάλθηκαν για να τους βοηθήσουν, οι πολιορκημένοι αναγκάστηκαν να παραδοθούν λαμβάνονταν εγγυήσεις, οι οποίες ωστόσο δεν τηρήθηκαν. Κατά την επανάσταση του 1866, το Καινούριο Χωριό παρέμεινε καθ’ όλη τη διάρκεια των συγκρούσεων υπό οθωμανικό έλεγχο. Με το τέλος της επανάστασης, ο Κωσταντίνος Αδοσίδης Πασάς την όρισε ως διοικητικό κέντρο του Λασιθίου, προχωρώντας σε σημαντικά έργα και παρεμβάσεις και καθιερώνοντας το όνομα Νεάπολη. Ωστόσο, κατά την περίοδο της Κρητικής Πολιτείας, το διοικητικό κέντρο μεταφέρθηκε στον Άγιο Νικόλαο.
