Το σπήλαιο του Μελιδονίου βρίσκεται σε μικρή απόσταση βορειοδυτικά του ομώνυμου χωριού στο Ρέθυμνο. Στον χώρο αυτό κατέφυγαν το φθινόπωρο του 1823 περίπου 340 άμαχοι και 30 ένοπλοι, ελπίζοντας ότι οι μουσουλμανικές δυνάμεις υπό τον Χασάν Πασά, θα έφευγαν σύντομα χωρίς να τους πειράξουν, όπως είχε συμβεί το 1822. Ωστόσο, τον Δεκέμβριο, οι μουσουλμάνοι απέκλεισαν τη σπηλιά και την πολιόρκησαν. Αρχικά τους ζητήθηκε να παραδοθούν χωρίς επιπτώσεις, ωστόσο λόγω της αθέτησης από τον Χασάν της ίδιας υπόσχεσης κατά την πολιορκία του σπηλαίου της Μιλάτου, οι χριστιανοί αρνήθηκαν. Έγιναν προσπάθειες για την αποστολή βοήθειας, όμως μετά την ήττα στη μάχη της Αγίας Βαρβάρας τον Αύγουστο, οι επαναστάτες είχαν πλήρως αποδιοργανωθεί. Αφού απέτυχαν να καταλάβουν με έφοδο τη σπηλιά, τον Ιανουάριο του 1824 οι μουσουλμάνοι έκαναν μια οπή στην οροφή του σπηλαίου και έριξαν εύφλεκτες ύλες στο εσωτερικό βάζοντας φωτιά, με αποτέλεσμα όλοι οι πολιορκημένοι να πεθάνουν από τον καπνό και τις αναθυμιάσεις.
