Το Καστέλι Κισσάμου αποτελούσε διοικητικό και στρατιωτικό κέντρο που έλεγχε τον κόλπο της Κισσάμου και τις γύρω περιοχές, όπως και την πρόσβαση στο Σέλινο. Η συγκεκριμένη περιοχή είχε ιδιαίτερη σημασία για τις ναυτικές μεταφορές. Ωστόσο, η οχύρωση του τοπικού φρουρίου ήταν ανεπαρκής και παρωχημένη. Η πρώτη προσπάθεια κατάληψής του από τους επαναστάτες τον Δεκέμβριο του 1822, απέτυχε. Κατελήφθη κατά τη δεύτερη προσπάθεια την άνοιξη του 1823, μετά από μακρά πολιορκία και με τη βοήθεια ενισχύσεων υπό τον Εμμανουήλ Τομπάζη. Στο πλαίσιο της επιχείρησης της Γραμβούσας το 1825, κατελήφθη και πάλι με αιφνιδιασμό αλλά εγκαταλείφθηκε άμεσα. Αντίστοιχη δραστηριότητα υπήρξε και κατά τον Νοέμβριο του 1866, όταν πολιορκήθηκε από ομάδα επαναστατών, χωρίς επιτυχία, όπως αντίστοιχα και το 1897, όπου η πολιορκία λύθηκε με παρέμβαση των ευρωπαϊκών δυνάμεων. Νέα δραστηριότητα καταγράφεται κατά το κίνημα του Θερίσου το 1905, καθώς τον Ιούνιο κατελήφθη από τους εξεγερμένους, για ν’ ανακαταληφθεί ένα μήνα αργότερα από τον ρωσικό στρατό.
