Τοποθετημένη επί της βασικής οδού που ένωνε το βόρειο με το νότιο Ρέθυμνο και χάρη στην καλή οχύρωσή της, η Μονή Αρκαδίου χρησιμοποιήθηκε ως έδρα στρατιωτικών δυνάμεων ήδη από την επανάσταση του 1821. Στις αρχές του 1822, οι επαναστάτες με αρχηγό τον Γεώργιο Δεληγιαννάκη κατάφεραν να την καταλάβουν, αιφνιδιάζοντας την οθωμανική φρουρά. Αντίστοιχος ήταν και ο ρόλος της στην επανάσταση του 1866 όπου αποτέλεσε καταφύγιο για τους αμάχους των γύρω περιοχών. Τον Οκτώβριο του 1866, ο Γενικός Διοικητής Κρήτης Μουσταφά Πασάς ζήτησε από την Επαναστατική Επιτροπή να εγκαταλείψει τη Μονή. Ένα μήνα αργότερα, στις αρχές Νοεμβρίου, ο οθωμανικός στρατός πολιόρκησε και κατέλαβε το Αρκάδι, ενώ ακολούθησε η ανατίναξη της πυριτιδαποθήκης και ο θάνατος όσων είχαν καταφύγει εκεί, κυρίως αμάχων. Το μοναστήρι χρησιμοποιήθηκε και κατά τις επαναστάσεις των επόμενων ετών, με αποκορύφωμα τη θριαμβευτική υποδοχή τον Οκτώβριο του 1897, των πληρεξουσίων της Γενικής Συνέλευσης, μετά την αρχική ανακήρυξη της αυτονομίας.
