Η Αγία Βαρβάρα βρίσκεται σε κεντρική θέση επί της οροσειράς που χωρίζει το βόρειο από το νότιο τμήμα του Ηρακλείου και επί της κύριας οδού που ένωνε την πόλη του Ηρακλείου με τη Μεσαρά. Κατά τη διάρκεια των επαναστάσεων του 1821 και του 1866, παρέμεινε υπό τον έλεγχο του οθωμανικού στρατού και αποτέλεσε, μαζί με τον Άγιο Μύρωνα και το Τυμπάκι, κέντρο ελέγχου των γύρω περιοχών. Σημαντικότερο, ίσως, γεγονός αποτελεί η καταστροφική για τους επαναστάτες μάχη της Αγίας Βαρβάρας τον Αύγουστο του 1823, που έγινε κοντά στον οικισμό και αποτελεί συμβολικά την αρχή του τέλους της δεύτερης επαναστατικής περιόδου. Κατά την επανάσταση του 1866, αναφέρεται η χρήση του χωριού ως βάση ομάδων που έκαναν επιδρομές στη γύρω περιοχή.
