Μέχρι και τα μέσα του 19ου αιώνα, η περιοχή του Αγίου Νικολάου αποτελούσε ένα μικρό και ασφαλές λιμάνι, με ικανοποιητικό βάθος και εξαιρετικά προστατευμένο, χάρη στη μικρή νησίδα που βρισκόταν στην είσοδο του κόλπου. Η περιοχή, που ονομαζόταν Μανδράκι, διέθετε τελωνείο και αρκετές αποθήκες, δεν είχε όμως αξιόλογο πληθυσμό. Οι πρώτες ουσιαστικές παρεμβάσεις έγιναν στα τέλη της δεκαετίας του 1860, όταν ο Ομέρ Φεβζή Πασάς, ως Γενικός Διοικητής, θεώρησε ότι έπρεπε να δημιουργηθεί ένα νέο εμπορικό λιμάνι στην ανατολική Κρήτη, προκειμένου ν’ αξιοποιηθούν οι δυνατότητες που προσέφερε το πρόσφατο άνοιγμα της διώρυγας του Σουέζ. Προοδευτικά κατά τα επόμενα χρόνια, τόσο η εμπορική δραστηριότητα όσο και ο αριθμός των κατοίκων του Αγίου Νικολάου αυξήθηκαν σε σημαντικό βαθμό, γεγονός που οδήγησε στην ενίσχυση των υποδομών αλλά και την ανάδειξή του στις αρχές του 20ού αιώνα, σε διοικητικό κέντρο του νομού Λασιθίου.
